基于高通量測序的西洋參根際土壤細菌群落分析
關鍵詞：西洋參 16s rrna基因 連作障礙 微生物群落
摘要：目的:研究健康西洋參和患根腐病西洋參的根際土壤細菌群落結構變化,為研究西洋參根腐病的發生機制及其調控技術提供依據。方法:以未種過西洋參的土壤(C組)、新茬地4年生健康參根際土壤(N組)、新茬地4年生根腐病參根際土壤(R組)和輪作地4年生健康參根際土壤(LN組)為研究對象,采用Illumina Miseq高通量測序技術分析了土壤細菌群落結構的變化。結果:12個土壤樣品基因組經16S測序共獲得有效序列695 263條,用于物種分類的OTUs 8 081個,涵蓋了30門、86綱、115目、256科、464屬。在屬的水平上,4個組細菌群落組成及相對豐度差別很大,其中芽胞桿菌屬(Bacillus)、鞘氨醇單胞菌屬(Sphingomonas)和芽單胞菌屬(Gemmatimonas)可能是西洋參生長的有益菌,而假單胞菌屬(Pseudomonas)和鞘脂菌屬(Sphingobium)可能是引起西洋參根腐病發生的關鍵菌群,后續研究應重點關注。結論:健康西洋參和根腐病西洋參根際土壤及新茬地和輪作地西洋參根際土壤中微生物組成和結構均具有顯著性差異,本結果對于探究西洋參根腐病發生的微生態機制和改良種植西洋參土壤微生物具有理論指導作用,為建立西洋參與主要農作物的合理輪作制度提供實驗數據。
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