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基于RNA-seq數據鑒定蘇姜豬肉質性狀相關基因
關鍵詞：蘇姜豬 肉質性狀 背最長肌 腿肌 候選基因
摘要：試驗通過對蘇姜豬背最長肌和腿肌進行轉錄組分析,旨在挖掘影響蘇姜豬肌肉肉質性狀的候選基因。選取90和180日齡蘇姜豬各3頭,利用RNA-seq技術對90日齡蘇姜豬背最長肌、180日齡蘇姜豬背最長肌和腿肌進行測序,對差異表達基因進行GO功能和KEGG Pathway顯著性富集分析。結果顯示,180日齡蘇姜豬背最長肌和90日齡蘇姜豬背最長肌中有1 655個基因差異表達,其中474個基因表達上調,1 181個基因表達下調,GO功能和KEGG Pathway顯著性富集分析發現,474個表達上調基因主要參與肌肉纖維、轉錄調節、鈣信號通路、MAPK信號通路、胰島素信號通路、FOXO信號通路等生物學功能,1 181個表達下調基因主要參與免疫、造血、溶酶體、綁定、酶活性等生物學功能;180日齡蘇姜豬背最長肌和腿肌中有383個基因差異表達,其中70個基因表達上調,313個基因表達下調,GO功能和KEGG Pathway顯著性富集分析發現,70個表達上調基因未能顯著富集,313個表達下調基因主要參與細胞分化增殖、肌肉發育、細胞外基質、cGMP-PKG信號通路等生物學功能。本試驗獲得了蘇姜豬背最長肌和腿肌組織的轉錄組信息,篩選出6個與蘇姜豬肉質性狀相關的候選基因:FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,為深入研究蘇姜豬肉質性狀的分子機理奠定基礎。
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