Oncomine數據庫在腫瘤研究中的應用
關鍵詞：oncomine數據庫 癌基因 基因表達與分析
摘要：Oncomine是目前世界上最大的癌基因芯片數據庫和綜合數據挖掘平臺之一,該數據庫整合了GEO、TCGA和已發表文獻來源的RNA和DNA-seq數據。數據庫目前含有715個基因表達數據集(datasheet)、86 733個人體腫瘤組織和正常組織樣本的信息,且有新的數據不斷更新。Oncomine數據庫囊括的腫瘤類型有19種,包括:膀胱癌、腦/中樞神經系統腫瘤、乳腺癌、宮頸癌、結直腸癌、食管癌、胃癌、頭/頸腫瘤、腎癌、白血病、肝癌、肺癌、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、肉瘤。本文就如何利用Oncomine數據庫,進行腫瘤組織中癌基因表達差異性分析以及基因共表達分析、癌基因在腫瘤組織中的表達及拷貝數分析、多組研究數據集的薈萃分析(metaanalysis)、以及癌基因表達與患者生存率關系等進行分析。通過該數據庫可以對腫瘤癌基因進行研究前的篩查,有利于發現新的腫瘤生物標記物或治療靶點,為臨床科學研究奠定一定的理論基礎。
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