基于RNA-seq數據的栽培種花生SSR位點鑒定和標記開發(fā)
關鍵詞：花生 ssr位點 基因關聯(lián)ssr標記 物理圖譜
摘要：【目的】鑒定花生RNA-seq數據中的SSR位點,明確轉錄組中SSR位點的分布和結構特點,開發(fā)與花生基因相關聯(lián)的SSR標記,為花生重要功能基因的挖掘、等位變異研究和分子標記輔助育種奠定基礎。【方法】根據栽培種花生全生育期中22種不同類型的組織RNA-Seq數據,使用MISA軟件分析SSR位點分布及特征,采用Primer 3設計基因關聯(lián)的SSR引物,并利用電子PCR軟件對引物的質量進行檢測,隨機合成38對引物,進行多態(tài)性檢測。【結果】從52280條轉錄本中共鑒定19143個SSR位點,分布于14084條轉錄本,發(fā)生頻率為26.94%。重復單元類型為單核苷酸—五核苷酸,以單核苷酸和三核苷酸為重復單元的SSR位點數最多,分別占位點總數的39.24%和38.40%。各重復單元優(yōu)勢基序類型分別為A/T、AG/CT、AAG/CTT、AAAG/CTTT和AACAC/GTGTT,占所在重復單元中的比例分別為97.62%、72.01%、30.96%、24.59%和16.67%。重復單元的重復次數為5—47次,單個SSR位點的長度的分布范圍為10—47 bp,基序長度主要集中在10—14 bp;復合SSR位點的長度范圍為21—249 bp,以31—40 bp為主。鑒定的SSR位點中共有13477個SSR位點可以進行引物設計,其中5020條轉錄本序列對應到特定的基因,共包含5859個可進行引物設計的SSR位點,這些SSR位點在A基因組和B基因組共20條染色體上不均勻分布,其中B03染色體上SSR位點最多,為484個。對特定基因SSR引物進行電子PCR檢測,在A.duranensis、A.ipaensis、A.hypogaea基因組中有效擴增位點分別為4468、4929和10188個,有效引物數分別為3968(67.74%)、4232(72.25%)和5174(88.33%)對,在A.hypogaea基因組中,SSR引物擴增位點主要以2個位點為主,其中,有1477對引物單位點擴增。根據SSR引物擴增位點在栽培種花生基因組中的位置信息繪制了SSR位點的物理圖譜。在38對SSR引物中,共有35對(92.1%)SSR引物可以擴增出清晰的條帶,其中,有11對(28.9%)SSR引物在2個品種間擴增?
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