陸地棉低世代群體纖維品質(zhì)QTL定位及候選基因功能注釋
關(guān)鍵詞：陸地棉 纖維品質(zhì) qtl定位 基因注釋
摘要：【目的】通過對(duì)纖維品質(zhì)數(shù)量性狀位點(diǎn)(Quantitative trait loci,QTLs)定位及其基因功能注釋,為分子標(biāo)記輔助育種提供理論依據(jù)。【方法】以2個(gè)纖維品質(zhì)有差異的陸地棉品種(系)中棉所49和396289為親本構(gòu)建F2群體,以高密度遺傳圖譜為基礎(chǔ),對(duì)3個(gè)環(huán)境的F2:3家系做包括細(xì)度和成熟度等在內(nèi)的7個(gè)纖維品質(zhì)性狀QTLs定位,利用直系同源基因簇(Clusters of orthologous groups,COG)、基因本體(Gene ontology,GO)和京都基因與基因組百科全書(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)QTLs做基因功能注釋。【結(jié)果】獲得157個(gè)與纖維品質(zhì)有關(guān)的QTLs,分布于20條染色體上,A03、A04、D02、A11和D07等有較多性狀的QTLs聚集,可能是控制纖維品質(zhì)性狀的關(guān)鍵染色體。共獲得13個(gè)穩(wěn)定QTLs,其中qFL-A03-1和qFin-A11-4在3個(gè)環(huán)境中重復(fù)出現(xiàn),另有9個(gè)QTLs則在2個(gè)環(huán)境中重復(fù)出現(xiàn)。通過COG、GO和KEGG對(duì)QTLs進(jìn)行基因功能注釋,共獲得4 763個(gè)候選基因,3個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)分別注釋到2 416、4 188和2 512個(gè)基因,在穩(wěn)定QTLs中共注釋到429個(gè)基因,其中一些基因可能與纖維品質(zhì)關(guān)系密切。【結(jié)論】利用高通量測(cè)序獲得的高密度遺傳圖譜有助于獲得較多QTLs,有利于纖維品質(zhì)相關(guān)候選基因的篩選及性狀的改良,提高育種效率。
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