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巴哈雀稗幼苗葉片轉(zhuǎn)錄組分析
關(guān)鍵詞：巴哈雀稗 轉(zhuǎn)錄組 基因注釋 ssr
摘要：利用Illumina HiSeq 2000高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)巴哈雀稗葉片進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,共計(jì)獲得42844132個(gè)序列讀取片段,包含堿基序列信息6426619800個(gè)。對(duì)讀取片段進(jìn)行序列組裝,得到99235個(gè)單基因簇。圍繞GC含量、測(cè)序質(zhì)量、長(zhǎng)度分布的單基因簇評(píng)估測(cè)序數(shù)據(jù)均顯示質(zhì)量好、可信度較高。與Nr數(shù)據(jù)進(jìn)行序列同源性比對(duì)結(jié)果顯示,有53886個(gè)單基因簇與其他植物的已知基因具有不同程度的同源性。結(jié)合GO數(shù)據(jù)庫對(duì)巴哈雀稗的單基因簇進(jìn)行功能分類,大致可分成為細(xì)胞組分、分子功能和生物學(xué)過程3大類共計(jì)70個(gè)分支,其中大量的單基因簇主要與細(xì)胞進(jìn)程、結(jié)合活性及細(xì)胞成分有關(guān)。將單基因簇與COG數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì)分析,依據(jù)其功能可大致分為25類。以KEGG數(shù)據(jù)庫為參考,依據(jù)代謝途徑將單基因簇定位到31個(gè)代謝途徑分支上,具體包含核糖體代謝途徑、碳代謝途徑、氨基酸生物合成途徑、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白加工、剪接體和甜菜紅色素生物合成等。通過SSR位點(diǎn)查找在巴哈雀稗99235個(gè)單基因簇中共找到12062個(gè)SSR位點(diǎn)。其SSR不同重復(fù)基序類型中,A/T出現(xiàn)頻率最高,其次是AT/GA和AG/CT。
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