復旦大學出版社成立于1981年，由復旦大學主辦，受教育部和上海市新聞出版局雙重管轄。2001年經教育部和新聞出版總署批準，復旦大學出版社與上海醫科大學出版社兩社合并，成立新的復旦大學出版社，下轄二級社復旦大學電子音像出版社。新的復旦大學出版社有事業編制人員130人，臨時聘用人員70余人，年出版新書近400種，重印書600余種，新書、重印書合計近千種。

復旦大學出版社陸續出版了現代系列、影像系列、臨床袖珍系列、試題與題解系列和科普類系列叢書，并且在醫學教材方面加大開發力度，出版了復旦博學·醫學系列、普通高等醫藥院校教材系列和醫學高等職業教育教材系列等。今后的主攻方向是長年制醫學專業課程教材、現代醫學系列、醫學影像系列。

復旦大學出版社為了使出版理念落到實處，復旦大學出版社實施“721”出書工程規劃，即大專院校教材達70%，學術專著占20%，社會讀物占10%。先后打造了復旦“博學”與復旦“卓越”兩大知名品牌；“復旦博學”已推出人文、社科、經管、科技、外語、醫學等6個系列近500種高校教材。這套書以原創性、高質量以及名校、名家、名作作為追求目標，已經形成較大影響。圖書品種還在不斷優化和擴充中。

出版了現代系列、影像系列、臨床袖珍系列、試題與題解系列和科普類系列叢書，并且在醫學教材方面加大開發力度，出版了復旦博學·醫學系列、普通高等醫藥院校教材系列和醫學高等職業教育教材系列等。今后的主攻方向是長年制醫學專業課程教材、現代醫學系列、醫學影像系列。